Были очень похожие симптомы .Только 5.7 ТБИ. Менял все - свечи(правильный зазор), провода, бегунок, крышка, все датчики, бензонасос, даже генератор!, искал проблемы в коробке, и т.д.
В процессе лечения, от человека знающего эти моторы, слышал версию, что почти все двигатели с ТБИ, тех годов при определенном пробеге потряхивает. Если правильно помню, он это связывал с особенностями износа зонтичных клапанов. А относительно простая электроника управления этими двигателями, не всегда успевает скоректировать ошибку. Вот и встряхивает. (К сожалению все детали не помню.)
Обязателно, обратите внимание, чтобы бензонасос выдавал заводские параметры давления. (На 5.7 -0.9 Атм). Система впрыска ТБИ, не любит избыточного давления. Если изношенный регулятор давл. топлива не справляется. а форсунки тоже не новые, может потряхивать.
У меня причиной был подсос водуха. Заменил старую прокладку под впускным коллектором. Почти прошо. Кроме того, на трубопроводе подачи топлива, там где он поднимается вдоль моторного щита, оказались микротрещины. Я там даже и не думал искать. (Трубка созналась сама - потекло на землю.) После замены - все прошло.