Из моего опыта.
Менял стекло, рамка оказалась целая, очистил, прокрасил, вклеили на безруком сервисе, потекло сразу же в первый же летний дождик.
Мне кажется, герметик не промазали полностью по периметру, а оставили пропуски, это раз.
Стекло у квадрата такое, что если он стоит чуть мордой вниз, вода стекает вдоль всей длины крыши, попадает под уплотнитель стекла, накапливается там, и когда набирается небольшой бассейн, протекает там где нет герметика. Хотя если машина стоит ровно, вода стекает по желобкам под уплотнителем стекла под крылья. Кстати, желобки должны быть чистыми, иногда могут забиться грязью, тогда там будет бассейн, а зимой и с солью. По этой же причине не надо запихивать туда герметик.
Герметик помогает, только не надо загонять под уплотнитель, просто промазать бесцветным чуть чуть пальцем по щели между крышей и верхом уплотнителя, на сухую, и хорошо обезжирив. На год хватает, если не тереть сверху на мойке, да и его почти не видно.